El día 25 de marzo de 1958, el entonces Presidente de la República, ingeniero Luis Somoza Debayle, estampó su firma al pie del Decreto Nº 38 que concedió autonomía docente, administrativa y económica a la Universidad Nacional. Refrendó el Decreto, con fuerza de ley, el Ministro de Educación, doctor René Schick Gutiérrez. En ese momento, trascendental para la evolución de la educación superior de Nicaragua, cristalizaron las luchas y aspiraciones de varias generaciones de universitarios, que con plena conciencia de su responsabilidad y con clara visión de lo que debía ser una verdadera Universidad, habían mantenido constantemente enhiesto el caro ideal de la Autonomía Universitaria.
Clausuradas por el dictador Anastasio Somoza García, las Universidades Central de Managua (1946) y de Granada (1951), la juventud universitaria nicaragüense encontró su Alma Mater en la ya centenaria Universidad de León, fundada en 1812 y elevada a categoría de Universidad Nacional el año de 1947. León, la ciudad colonial y metropolitana, seminarista y universitaria, conventual y caballeresca, en feliz frase de Mariano Fiallos Gil, de apacible vida provinciana y reconocida tradición cultural, se transformó así, en el año de 1951, en sede de la única Universidad del país.
La falta de autonomía había conducido al Alma Mater a un completo estado de vasallaje con relación al Poder Ejecutivo y el partido político en el poder. Como consecuencia, la política partidista se había entronizado en ella. Contra esa situación, se pronunció el estudiantado en distintas formas. Pero quizás el grupo estudiantil que se definió del modo más firme y eficaz, fue la agrupación de estudiantes de la Facultad de Derecho conocida por sus siglas CEJIS (Círculo de Estudios Jurídicos y Sociales) y de la cual era mentor el Catedrático de Filosofía del Derecho, doctor Mariano Fiallos Gil. Entre los miembros del CEJIS figuraban Carlos Tünnermann Bernheim, Ernesto Cruz Porras, Mariano Fiallos Oyanguren, Leonel Argüello Ramírez, Orlando Barreto Argüello y Daniel Tapia Mercado. Como para lograr la tan ansiada autonomía era imperativo transformar el régimen jurídico de la Universidad, el CEJIS, auxiliado por los doctores Mariano Fiallos Gil y José Pallais Godoy, por encargo de la Directiva del Centro Universitario de entonces, redactó un Proyecto de Ley Orgánica de la Universidad Nacional, que fue amplia y favorablemente comentado por la prensa nacional y presentado a la consideración del Gobierno, de las autoridades universitarias y de la ciudadanía en general.
En el mes de octubre de 1955, el Comité de Acción Permanente Pro-Autonomía Universitaria, consiguió la colaboración de un diputado de la minoría en la Cámara de Diputados, que entonces lo era el Partido Conservador, doctor Eduardo Conrado Vado, para que presentara el Proyecto de Ley Orgánica elaborado en 1953. Precedió a la presentación del proyecto de ley, una campaña auspiciada por todos los diarios del país, menos los controlados por Somoza García, campaña que procuraba crear conciencia en favor del ideal universitario e influir en el ánimo de los señores diputados.
El día miércoles 5 de octubre de 1955, un numeroso grupo de estudiantes universitarios nos trasladamos a Managua y llenamos las galerías de la Cámara de Diputados, para presenciar y respaldar con aplausos el momento de la presentación del proyecto de ley de Autonomía Universitaria.
El proyecto fue enviado a comisión para su dictamen y el propio presidente de la Cámara, ingeniero Luis Somoza Debayle, anunció que la Comisión tendría cinco días para dictaminar el proyecto, dada su importancia. Pero, sorpresivamente, y de seguro para evitar la presencia de los estudiantes, el dictamen fue presentado cuarenta y ocho horas después, un día sábado por la mañana y rechazado por la aplanadora liberal, dirigida por Luis Somoza, por supuestos roces con la Constitución Política. Se alegaba que sólo podían existir entes autónomos en los dominios comercial y empresarial del Estado, pero no en el campo educativo. Además, para darle el tiro de gracia al proyecto, se le dispensó el trámite de segundo debate. El diputado Conrado Vado se retiró de la sesión en protesta por la maniobra del Presidente de la Cámara. La votación fue de 23 votos liberales en contra del proyecto y sólo 5 conservadores a favor. Se levantó la sesión y el Congreso se recetó quince días de vacaciones. Los estudiantes ni siquiera tuvimos la oportunidad de movilizarnos hacia Managua.
Muerto el presidente Anastasio Somoza García, fue electo su hijo, el ingeniero Luis A. Somoza Debayle, quien quiso dar la imagen de una transición hacia la democracia. En los últimos días del mes de mayo de 1957, le fue ofrecida la Rectoría de la Universidad Nacional al doctor Mariano Fiallos Gil, lo cual revelaba un cambio de actitud en la política del gobierno con relación a los destinos del Alma Mater, por ser entonces el doctor Fiallos una persona alejada de los ajetreos políticos. Pero, ni con la mejor buena voluntad, podría hacerse mucho por la Universidad si se la mantenía sometida al Reglamento en vigor, que hacía de ella una simple dependencia del Ministerio de Educación Pública. El doctor Fiallos Gil puso algunas condiciones para aceptar la Rectoría de la Universidad: ante todo, pidió independencia de actuación y expulsión de cualquier clase de política partidarista del seno de la Universidad; además, reclamó que mientras se elaboraba un proyecto de ley, que contemplase el otorgamiento de autonomía docente, administrativa y económica a la Universidad, el Ministerio de Educación Pública dejaría actuar libremente a la Junta Universitaria, hasta el límite posible dentro del estatuto en vigor; que se concediera mayor apoyo económico a la Universidad, para elevar el sueldo de sus catedráticos y permitir la contratación de profesores de jornada completa, cuya necesidad era cada día más apremiante; y que se le diera amplia libertad para escoger a sus principales colaboradores, especialmente con relación al nombramiento de los Decanos y del Secretario General. Aceptadas todas estas condiciones por el Ejecutivo, no sin sorpresa para el doctor Fiallos Gil, el nuevo Rector tomó posesión de su cargo el día 6 de junio de 1957, ante el Ministro de Educación Pública, doctor René Schick Gutiérrez.
La primera dificultad surgió con el nombramiento del Secretario General, cargo que el doctor Mariano Fiallos Gil me ofreció el propio día de su toma de posesión, no obstante que quien les habla no había presentado aún su examen general público para graduarse. Para el Gobierno, mi nombramiento era inaceptable, por el hecho de haber defendido, como abogado in fieri a mi compañero de estudios en la Facultad de Derecho, el Br. Tomás Borge Martínez, ante el Consejo de Guerra que se instaló en el Campo de Marte, para juzgar a quienes los hijos del dictador consideraban responsables, en alguna forma, de la muerte de su padre. Tomás fue acusado de encubridor y condenado junto con todos los demás procesados. Éste era mi único antecedente profesional. Pero el nuevo Rector demostró su firmeza de carácter y se dijo: Si no me permiten ahora nombrar libremente a mi Secretario General, entonces nada de lo ofrecido me van a cumplir. Y mantuvo su decisión, pese a las grandes presiones políticas, llegando incluso a amenazar que renunciaría al cargo si no le cumplían lo prometido. El Gobierno cedió y salió mi nombramiento, anunciado públicamente por el Rector Fiallos la noche misma de mi investidura como doctor en Derecho.
El día 16 de enero de 1958, se llevó a cabo una importante reunión en la Casa Presidencial. Ese día fue la revisión final, con el Presidente de la República, del proyecto de Ley Orgánica de la Universidad, elaborado por las autoridades universitarias. Por la verdad histórica, cabe reconocer que el presidente Luis Somoza Debayle aprobó íntegramente el proyecto final del doctor Mariano Fiallos Gil, y le prometió que lo promulgaría en el mes de marzo, como Decreto con Fuerza de Ley, en receso del Congreso.
Efectivamente, el día 25 de marzo de 1958, el Presidente rubricó el Decreto Nº 38, que contiene la Ley Orgánica de la Universidad Nacional, concediéndole amplia autonomía económica, administrativa y docente.